Diğer bölümde bahsettiğimiz disbiyozis sebeplerinin yanında çevresel faktörler ve beslenme alışkanlıklarımız mikrobiyota sağlığını etkilemektedir. Özellikle yediklerimiz ile mikrobiyotamız kolayca bozulabilir. Lif açısından fakir beslenme zararlı bakterilerin sayısını artırır. Katkı maddeleri, genetiği değiştirilmiş gıdalar ve fast-food ürünler de vücudumuzda olumsuz etkiler yaratabilir.
Antibiyotikler ise, çok daha önemli bir konudur. Antibiyotiklerin bağırsak bakteri dengesini altüst ettiği ve bazen bu etkilerinin yıllarca devam ettiği gösterilmiştir. Bu nedenle, özellikle antibiyotik hasarına çok daha duyarlı olan çocuklarda gereksiz antibiyotik kullanımından kaçınmak önemlidir. Antibiyotik almaya başlarken probiyotik kullanmanın ishal riskini azalttığını gösterilmiştir. Klinik çalışmalarda S.boulardii türü özellikle bu yararlı etkiden sorumlu bulunmuştur. Bakteri, virüs veya parazitlere bağlı enfeksiyöz ishallerin tedavisinde de probiyotiklerin yararlı etkileri gösterilmiştir. Yine S.boulardii türü bu tip ishallerin iyileşme sürelerini kısaltır.
Bunların dışında, son yıllarda oldukça yaygın kullanılan bazı mide ilaçları mide asidini baskılayarak, ağız yolu ile aldığımız zararlı bakterilerin bağırsağa geçmesini kolaylaştırırlar. Böylece vücutta zararlı bakteri sayısı artar, denge bozulur. Bu nedenle bu ilaçların, mide asit salgılama yeteneği azalmış olan yaşlılarda kullanımında dikkatli olunmalıdır.
Probiyotikler zararlı bakterilerle bağlanacağı yerler konusunda yarışarak, hastalık yapıcı bakterilerin bağırsak duvarına yapışmasını engelleyerek, kalın bağırsak pH’sını düşürerek asidik ortam sağlayarak iyi bakterilerin sayısının artmasını sağlarlar.