Disbiyozis, herhangi bir nedenle mikrobiyotanin dengesinin bozulmasıdır. Mikrobiyata kompozisyonunun değişmesi veya bozulması ve buna bağlı olarak fonksiyonlarının kaybolması şeklinde tanımlanır. Disbiyozis kısa dönemde hastalık şikayetleri göstermeyebilir, ancak uzun dönemde kronik veya metabolik başka komplikasyonlara neden olabilir. Disbiyozis akut dönemde genellikle ishal sebebidir. Yani her disbiyozis ishal yapmasa da her ishal bir disbiyozis sebebiyle ortaya çıkar.

Bilimsel çalışmalar antibiyotik kullanımına bağlı ishallerin önlenmesinde probiyotik kullanımının yararlı olduğunu göstermektedir. Antibiyotik kullanmak bağırsaklarımızda bütün bakterilerin sayısını azaltırken, C.difficile gibi hastalık yapıcı bakterilerin sayısını özellikle antibiyotik kullanımı sonrası çıkan hastalık yapıcı bakterilerin bu fırsattan yararlanarak sayısını artırmasına sebep olur. Çünkü antibiyotikler dengede olan mikrobiyotanın çeşitliliğini ve sayısını azaltarak dengenin bozulmasına ve “disbiyozise” neden olur. Böylece antibiyotik kullanımı sornası bozulan mikrobiyota yani disbiyozis durumu birçok fırsatcı bakteriye imkan tanımaktadır. Disbiyozisin altı aydan önce düzelemediği bilinmektedir. Disbiyozis söz konusu olduğunda tabii ki mikrobiyotanın yararlı etkilerinden bahsetmemiz mümkün değildir, hatta uzun süreli disbiyozislerin kronik hastalıklara yol açtığı düşünülmektedir.

Disbiyozisin ana sebepleri antibiyotikler, enfeksiyonlar, sağlıksız beslenme, kronik hastalıklar, sürekli ilaç kullanımı, stres, cerrahi operasyonlar ve hastanede uzun süreli yatışlar olarak sıralanabilir.