Günümüzde pek çok probiyotik markasına rastlanmaktadır. Bu ürünleri tercih ederken bilimselliğine dikkat etmek gerekir. Piyasada satılan probiyotik ürünlerin kalite kontrol garantisi ve kullanım alanlarıyla ilgili yapılan klinik çalışmaların varlığı probiyotik seçiminde önemli rol oynar. Bunun yanı sıra kökeni, suşu, dozu, kullanım alanları, canlı hücre miktarı ve saklama koşullarına göre de değerlendirilir. Bu değerlendirme sonucunda seçtiğimiz probiyotik hakkında bilinçli bir karar vermemiz önemlidir.

Ayrıca probiyotiklerin antibiyotiklerle birlikte kullanılamayacağına dair yaygın bir kanı vardır. Özellikle bakteri kökenli probiyotiklerin antibiyotik kullanımı sırasında dikkatle seçilmesi gerekir. Çünkü antibiyotikler bakterleri etkisizleştirmek veya öldürmek için kullanılan ilaçlardır. Hangi bakteriyel probiyotiğin hangi antibiyotiklere dirençli olduğunu bilmeden herhangi bir probiyotiği herhangi bir antibiyotikle beraber aynı gün içinde kullanmamalısınız. Aslında antibiyotik kullanımı öncesinde, sırasında ve sonrasında faydalı olabilecek antibiyotiklerden etkilenmeyen maya kökenli S.boulardii  gibi probiyotik seçenekleri mevcuttur.

Uygun probiyotik seçerken aşağıdaki noktaları tekrar hatırlamakta yarar vardır:

• Hangi üreticinin klinik çalışmalarla ürünün özeliklerini kanıtladığı dikkatle izlenmelidir
• Ürünün üretim kalitesi kontrol edilmelidir
• Probiyotiklerin cins, tür ve suş kimliklerine dikkat etmeliyiz. Her probiyotiğin aynı olmadığını düşünürsek S.boulardii olmayan diğer S.boulardiitürlerinin de ile aynı etkiyi göstereceğini söyleyemeyiz. Suşu farklı olan diğer S.boulardii türü probiyotiklerin de suşunda olduğu gibi klinik çalışmalar ile kullanım alanlarını ispatlamaları gerekmektedir.
• Tek suş: kullandığımız ürünün içeriği birden fazla probiyotik içeriyorsa birbirlerini nasıl etkilediğini bilemeyebiliriz. Yararlı olduğu düşünülen birden fazla probiyotiği aynı kapsülde veya saşede aldığımız zaman hepsinin tek başlarına beyan ettikleri yararları göremeyebiliriz. En emin yol kullandığımız ürünün tek bir suş içeren probiyotik olmasıdır.
• Stabilite: Ürünün raf ömrünün son güne kadar üretildiği ilk gündeki kalitesini koruyabilmesidir. Stabilitesi iyi olan ürünler raf ömrü sonunda dahi beyan edilen sağlık yararlarını gösterecek kadar canlı hücre içerirler. Bu nedenle ilaç olarak üretilmiş ürünlerin ilaç olarak üretilmeyen ürünlerden daha sıkı kalite standartlarıyla stabilitesinin sağlandığını hatırlamalıyız.