Enfeksiyöz ishal herhangi bir enfeksiyon nedeniyle ortaya çıkan ishal türüdür. Doktorların bir kısmı enfeksiyon türüne göre seçtikleri antibiyotikleri reçetelemeyi tercih edebilirler. Antibiyotik kullanımından bağımsız olarak akut ve enfeksiyöz ishaller için her zaman uygun probiyotik seçilerek kullanılmalıdır. Eğer antibiyotik reçetelenmiş ise antibiyotiklerden etkilenmeyen maya kökenli probiyotiklerin antibiyotikler ile beraber güvenle, hatta aynı anda kullanılabileceği unutulmamalıdır.

Non spesifik ishallerde ise herhangi bir enfeksiyöz ajan izine rastlanılmamaktadır. Antibiyotik gerektirmemesinin dışında bu tür ishallerin yönetimi enfeksiyöz ishallerden farklı değildir. Standart ishal tedavisinde kaybolan sıvı ve elektrolitlerin geri konulması temeldir. Gıda kısıtlaması yapılmaz. Doktorunuz enfeksiyöz bir ajanın varlığını bulamadığı halde antibiyotik reçete etmeyi tercih edebilir. Antibiyotik reçete edilsin veya edilmesin mutlaka probiyotik kullanımını doktorunuza hatırlatınız.