Her probiyotik aynı değildir. Nasıl ki her antibiyotik her enfeksiyon için kullanılamıyorsa, probiyotiklere de aynı bu şekilde yaklaşılmalıdır. Her probiyotik her durum için uygun değildir. Özellikle bilimsel çalışması yapılan ürünü tercih etmek yararlıdır. Hangi probiyotiğin hangi durumlar için kullanılacağını doktorumuza danışmalıyız. Probiyotiklerin hastaya ve teşhis edilen tıbbi duruma göre farklı türlerinin reçete edilmiş olduğu göz önüne alınarak eczanede değiştirilmesinden kaçınılmalıdır. Birçok marka ortaya çıkmış olsa bile bunlarla ilgili bilimsel çalışmalar yoksa kullanımlarından fayda görülemeyebilir. Bu nedenle probiyotik genel bir isimdir. Burada kullanılan bakteri veya mayanın cinsi, türü, suşu ve kullanılan miktarı önemlidir.

Genel olarak bakıldığında probiyotikleri ikiye ayırmak mümkündür:

• Bakteri kökenli olanlar
• Maya kökenli olanlar

Bakteri kökenli olan probiyotiklerde iki tür bakteri çok sık kullanılır; Lactobasiller ve Bifidobakterler. Maya kökenli olanlar ise Saccharomyces türleridir. Bakteri kökenli olanları tek başına veya çok sayıda bakteri türü ile birlikte vermek mümkündür. Maya kökenli olan ürünlerde ise sadece bir tür bulunur.