Prebiyotikler probiyotiklerden farklıdır. Prebiyotikler faydalı mikroorganizmalar için besin vazifesi görmektedir. Mikroorganizmaların üremelerini ve aktivitelerini artırarak fonksiyonlarını daha iyi gerçekleştirmelerini sağlar.

Prebiyotikler “özellikle” hazırlanmış gıdalardır. Prebiyotikler kısa zincirli karbonhidratlardır ve sindirim enzimleri tarafından parçalanmazlar. Bunlar sindirilmeyen ve bağırsakta iyi ve yararlı bakteri sayılarının artmasını sağlayan yiyeceklerdir. Soğan, sarımsak, kuşkonmaz, pırasa, enginar, yulaf ve muz gibi çok çeşitli bitkisel yiyeceklerde bulunur. Kalın bağırsaklara bütün bir halde varırlar ve orada iyi bakteriler için yiyecek olurlar.